शहाजीराजे यांच्या भातवडीच्याच्या महापराक्रमामुळे मालिकंबर आणि शहाजीराजे एकमेकांना शह प्रतिशह देण्याची सुरवात झाली थोडक्यात दोघांमध्ये शीतयुद्ध पेटलं. मालिकंबर याने शहाजीराजेंच्या भावांना आपल्या बाजूने शामिल करून घेतले आणि शहाजीराजेंना एकटं पाडण्याचा डाव आखला. शहाजीराजे ह्या करस्थानांना बळी न पडता आपल्या जहागिरीवर लक्ष ठेवून कामगिरी बजावत होते.
आदिलशहाने या संधी चा फायदा घेत शहाजीराजांना आपल्या बाजूने येण्याचे प्रस्ताव दिला. सोबतच आदिलशाहाने मोठी मनसबदारी देखील देऊ केली. शहाजीराजे यांनी हा प्रस्ताव स्वीकारला. शहाजीराजेंच्या पराक्रमावर खुष होऊन आदिलशहा ने त्यांना सरलष्कर ही पदवी बहाल केली.
१४ मे १६२७ रोजी मालिकंबर चा मृत्यू झाला आणि थोड्याच दिवसांत म्हणजे १२ सप्टेंबर १६२७ रोजी इब्राहिम आदिलशहा देखील मृत्यू झाला. इब्राहिम आदिलशहाच्या मृत्यू नंतर त्याचा मुलगा मुहंमदशहा गादीवर आला, ज्याला मराठ्यांविषयी प्रचंड आकस होता. कित्येक मराठ्यांच्या कत्तली त्याने घडवल्या शहाजी राजे यांना याचा त्रास व्हायला लागला.
त्यांनी आदिलशाही सोडून पुन्हा निजामशाही मध्ये प्रवेश केला त्यांचा सोबत जाधव घराणे देखील आले. आता निजामशाही वृद्धिंगत होण्याऐवजी अंतर्गत कलहामुळे निजामशाही मध्ये संशयाचं वातावरण निर्माण झालं. हा संशय इतका विकोपाला गेला की २५ जुलै १६२९ साली निजामाने भर दरबारात लखुजी जाधवराव म्हणजे शहाजीराजे यांच्या सासऱ्यांची हत्या केली. झालेला भीषण प्रकाराने मुघल शाही मध्ये जायची तयारी दाखवली.
इ.स. १६३२ च्या अखेरीस मोगल सरदार महाबतखानाने निजामाची राजधानी असलेल्या दौलताबाद किल्ल्याला वेढा घातला आणि जिंकुन घेतला. त्याने खुद्द हुसेन निजामशहा आणि त्याचा वजिर फत्तेखान याना तुरुंगात टाकल.
निजामशाहीची अखेर झाली. त्यावेळी शहाजी राजे निजामाकडे सरदार होते. त्यानी पेमगिरी किल्ल्यावर अटकेत असलेल्या निजामाच्या अल्पवयीन मुलाला मुर्तिजा निजामशहाला सोडवल आणि त्याला गादीवर बसवुन शहाजी राजानी स्वत:ला निजामाचा वकील जाहीर करुन राज्य चालवायला सुरुवात केली. मोगल आणि आदिलशहाच्या संयुक्त सैनाशी शहाजी राजानी ६ मे १६३६ रोजी तह केल्यावर निजामशाहीची अखेर झाली.
याच काळात शिवनेरी वर शिवाजी महाराजांचा जन्म झाला. इकडे निजामशाही पार मोडकळीस निघाली. निजामशाहीचे पुनर्जीवन करण्यासाठी लढा देणाऱ्या सरलष्कर शहाजी महाराजांना तह करावा लागला.
पेमगिरी किल्ल्यावर निजामशाही वाचवुन आपले स्वतंत्र असे प्रस्थापित राज्य निर्माण करण्याचे उद्दिष्ट ठेऊन त्यांनी १६३३ साली शहाजीराजेंनी निजामशहाचा शेवटचा १० वर्षाचा वारसदार मुर्तुजा यास गादीवर बसवून स्वतंत्र कारभार करण्यास सुरुवात केली.
पेमगिरी किल्ल्यावरुन या नामधारी निजामशाहाच्या नावे शहाजीराजे स्वतःचा राज्यकारभार पाहू लागले. कदाचित स्वराज्य स्थापनेची किंवा संकल्पनेची ही सुरुवात होती असं म्हटलं तर वावगं ठरू नये.
कवी परमानंद यांनी केलेले वर्णन हे अतिशय महत्वाचे आहे. तह झाल्यानंतर शहाजीराजे आदिलशाहीत गेले, शहाजीराजे यांच्यासारखे मातब्बर योद्धे पुणे प्रदेशात राहिले तर ते पुन्हा उपद्रव करतील याची मोगलांना भीती होती आणि ते संकट दूर करण्यासाठी शहाजी महाराजांना कर्नाटक प्रदेशात जहागीरी द्यावी असे आदिलशाह आणि मोगल यांच्यात करार झाला असावा ही शक्यता नकारता येत नाही यावरून शहाजीराजे यांचा तत्कालीन राजकीय आणि भौगोलिक परिस्तिथिवर किती दबदबा आणि दरारा होता हे दिसून येतो.