ज्याचे आरमार त्याचा समुद्र हे छत्रपती शिवाजी महाराजांना चांगल्या प्रकारे माहीत होतं. स्वतंत्र, सामर्थ्यवान आरमार निर्माण झाल्याशिवाय स्वराज्य बळकट होणार नाही, हे शिवाजी महाराजांनी जाणलं होतं.
इसवी सन १६५७ च्या सुमारास महाराज कोकण मोहिमेच्यावेळी त्यांनी समुद्र जवळून पाहिला. त्या वेळी समुद्रावर, जंजिऱ्याचे सिद्धी, इंग्रज, पोर्तुगीज यांचा प्रामुख्याने दबदबा होता. या तिघांमुळे मराठ्यांच्या आंतरराष्ट्रीय व्यापारासाठी मोठा अडथळा होता. आणि त्यासाठी शिवरायांनी आरमारनिर्मितीचा विचार केला. थळच्या किनार्‍यावर पुर्वी थळचा लहानसा किल्ला होता. हा किल्ला खांदेरी व उंदेरी या जलदुर्गावर लक्ष ठेवून असे.
आजमात्र या किल्ल्याचे काही अवशेषच शिल्लक राहीले आहेत. खांदेरी उंदेरीची बेटे ही मुंबई आणि मुरुडचा जंजिरा यांच्या मधे असल्यामुळे अतिशय महत्त्वाची होती. ही बेटे ताब्यात घेवून त्यावर जलदुर्ग बांधल्यास मुंबईकर इंग्रज आणि जंजिरेकर सिद्यी यांच्यामधे चांगलीच पाचर मारता येईल हे हेरुन शिवाजीराजांनी खांदेरीचा किल्ला बांधायला घेतला महाराजांच्या या बेताचा सुगावा लागताच इंग्रजांनी खांदेरी बेटावर आमचा हक्क असल्याचे कारण पुढे करुन येथे किल्ला बांधण्याला विरोध केला. इंग्रजांना पोर्तृगिजांकडून मुंबई मिळाली होती. त्याच बरोबर खांदेरी आणि उंदेरी इंग्रजांच्या मते त्या बेटांचे नाव हेन्री आणि केनरी अशी होती आणि ही बेटेही आंदण म्हणून मिळाल्याचा त्यांचा दावा होता.
महाराजांनी खांदेरी बांधण्याची महत्त्वाची जोखीम मराठी आरमाराचा अधिकारी असलेल्या मायनाक भंडारीवर सोपवली. मायनाक यांनी आपल्या कडव्या साथीदारांच्या सहाय्याने ती जबाबदारी स्वीकारली. एकशे पन्नास सहकारी आणि चार तोफांसहीत मायनाक खांदेरी बेटावर दाखल झाले. इ.स. १६७९ च्या जुलै मधे ऐन पावसाळ्यात खांदेरीचे बांधकाम सुरु झाले.
इंग्रजांनी आपल्या आरमारासहीत येवून त्यांना आडकाठी करण्याचा प्रयत्न केला. मायनाय यांनी इंग्रजांना न जुमानता काम चालू ठेवले. खांदेरीचे बांधकाम करणारे कामकरी इंग्रजांचा हल्ला परतवून लावण्यासाठी प्रसंगी धारकरी होत. इंग्रजांचा विरोध मोडून काढत मायनाक यांनी खांदेरीचा जलदुर्ग उभा करुन स्वराज्यातील जलदुर्गांची मजबूती फळी उभी केली.
मायनाक भंडारी तटबंदी बांधत असताना ईस्ट इंडिया कंपनीच्या मुंबईतील वखारकरांती थांबवण्याचे आटोकाट प्रयत्न केले. कॅप्टन विलियम मिंचिन, रिचर्ड केग्वीन, जॉन ब्रँडबरी, फ्रान्सिस थॉर्प या नाविक अधिकाऱ्यांना खांदेरीवर पाठवून ते बेट मराठ्यांकडून काबीज करण्याचे मोठे प्रयत्न इंग्रजांनी केले. रिव्हेंज आणि हंटर नावाच्या दोन फ्रीगेटी त्यांनी पाठवल्या होत्या.
गेप आडनावाच्या माणसाकडून काही गुराबा भाड्याने घेऊन त्यावर काही तोफा कशातरी बांधून त्यांनी इंग्रजी आरमार पाठवण्याचा प्रयत्न केला. मायनाक भंडार्‍याच्या मदतीला नंतर दौलतखानाचा आरमारी ताफा आला. आलिबाग-थळच्या किनाऱ्यालगत असलेल्या या आरमाराने इंग्रजी आरमारातल्या त्रुटी हेरल्या.
मराठ्यांच्या होड्या थळच्या किनाऱ्यावरून सामानसुमान घेऊन खांदेरी बेटावर निघत. त्यांना प्रतिबंध करण्यासाठी किनारा आणि बेट यांमध्ये नाविक मोर्चेबंदी उभारण्याचे इंग्रजांनी ठरवले होते; पण त्यांच्या मोठ्या जहाजांना या खाडीमध्ये ठिय्या देऊन राहण्याचे काम जमले नाही. वार्‍यामुळे त्यांच्या होड्या किनाऱ्याकडे फेकल्या जात आणि त्या दगडांवर आपटून फुटण्याची भीती असल्याने इंग्रजांना ती जहाजे खोल पाण्यात न्यावी लागली.
छोट्या गुराबा त्यांनी आणल्या असता डव्ह नावाच्या त्यांच्या गुराबेवर पाठीमागे तोफ नसल्याने ती त्रुटी हेरून मराठा आरमाराने पाठीमागून चक्राकार हल्ला चढवून ती गुराब पकडली आणि त्यावरच्या इंग्रजांना कैद करून सागरगडावर डांबले. या घटनेद्वारे सागराची भरती-ओहोटी, खोल-उथळ पाणी, मतलय वारे, इत्यादींचे स्थानिक ज्ञान मराठ्यांना इंग्रजांपेक्षा अधिक असल्याचे दिसले.
संगमेश्वरी नावाच्या वेगळ्या आराखड्याच्या मराठा होड्यांनी या युद्धात कमाल केली. मराठे रातोरात या चिंचोळ्या होड्या वल्हवत बेटावर सामान पोहचते करीत. इंग्रजी जहाजे पूर्णपणे वार्‍यावर अवलंबून असत. खास मराठा बनावटीच्या या होड्यांनी इंग्रज आरमाराला आश्चर्यकारकरित्या चकवले. शेवटी इंग्रजांनी १६८० मध्ये शिवाजी महाराजांशी तह केला.
पुढे ८ मार्च, १७०१ रोजी सिद्‌दी याकूत खानने ‘खांदेरी’ वर हल्ला केला, पण मराठयांनी तो परतावून लावला. १७१८ मध्ये इंग्रजांनी मोठा तोफखाना युध्द नौकांवर ठेवून किल्ल्यावर हल्ला केला, पण किल्लेदार माणकोजी सूर्यवंशी याने किल्ला ५०० माणसांनीशी महिनाभर लढवला. त्यामुळे इंग्रजांना हात हलवित परत जावे लागले. पुढे १८१४ मध्ये खांदेरी पेशव्यांच्या ताब्यात गेला. १८१७ मध्ये त्याचा ताबा परत आंग्रेकडे गेला. १८१८ मध्ये ‘खांदेरी’ किल्ला इंग्रजांच्या ताब्यात गेला.