दुर्गम भागात असलेल्या लेणी या प्रामुख्याने हिंदू व बौद्ध भिक्खू, धर्माचे अध्ययन करणारे यांसाठी एक अध्ययन केंद्र म्हणून कोरण्यात आल्या. या ठिकाणी प्रामुख्याने धर्मांचे अध्ययन, ध्यानधारणा, कर्मकांड इत्यादी चालत असे.
अशा लेणी शक्यतो सर्व सोयींनी युक्त असत, म्हणजेच, येथे पाणीपुरवठा, धान्य कोठार, निवास व्यवस्था, अध्ययनासाठी चैत्यगृहे/मंदिरे वा सभागृह इत्यादींची सोय असे. अशा ठिकाणी कोरलेल्या लेण्यांची एकूण संख्या ही अधिक आढळून येते.
कान्हेरी, अजिंठा, घारापुरी, शिरवळ इत्यादी त्याची उदाहरणे. या लेणी मूळ वस्तीपासून बऱ्यापैकी दूर आहेत. यांचा वापर धार्मिक केंद्रे म्हणून केला जात.
कान्हेरी लेणी किंवा कृष्णगिरी लेणी हे सातवाहन काळात अतिशय महत्वाचे धार्मिक अध्ययनाचे केंद्र होते, अगदी अफगाणिस्तान, जपानमध्येदेखील बौद्ध धर्माचा प्रसार, प्रचार होण्यासाठीची सुरुवात इथूनच झाली असे मानले तरी वावगे ठरणार नाही. या ठिकाणी मिळालेले फारसी पहलवी आणि जपानी भाषेतील शिलालेख याचा पुरावा मानता येईल.
कातळात कोरलेल्या सुंदर लेण्या या मुख्य व्यापारी मार्गांपासून जवळ होत्या व अशा लेण्यांचा वापर धार्मिक कारणांसाठी देखील होत असे आणि प्रवासी यात्रेकरू देखील निवासासाठी अशा लेणींचा वापर करत. वेरूळ, नाशिक येथील पांडवलेणी, कार्ले, भाजे, जुन्नर येथील लेणी, इत्यादी उदाहरणे देता येतील.
कदाचित ज्यांचा वापर केवळ तात्पुरत्या निवासासाठी होत असे. अशा लेणी मुख्य प्रवासी किंवा व्यापारी मार्गाच्या जवळ असल्याने यात्रेकरू यांचा वापर वाटेत निवासासाठी करत. अशा लेण्या आपल्याला विविध पुरातन व्यापारी मार्गांजवळ विखुरलेल्या पाहायला मिळतात. नाणेघाट, जुन्नर, अंजनेरी, त्र्यंबक इत्यादी विविध ठिकाणी असलेल्या लेणी अशा स्वरूपाच्या आहेत.
कालौघात परकीय सत्तांचे राज्य आल्यावर हळूहळू मिळणारी आर्थिक मदत कमी होत गेली, त्याचप्रमाणे अंतर्गत धार्मिक कलहांमुळे किंवा इतर कारणांमुळे त्यामुळे बहुतांशी दुर्गम लेणी टिकवणे, दुर्गम भागात धार्मिक केंद्रे चालवणे सोयीचे राहिले नाही.
त्यासोबतच पोर्तुगीज, मुघल, यांच्या आक्रमणात अनेक लेणींना विद्रुप केले गेले, शिल्पांची मोडतोड केली गेली. काही ठिकाणी जबरदस्ती धर्मांतराच्या घटना घडल्या. झालेली मोडतोड, विद्रुपीकरण आपल्याला कैलास लेणे वेरूळ, घारापुरी, मंडपेश्वर मुंबई येथे पाहता येते.
संपूर्ण महाराष्ट्रात असलेल्या १५० पेक्षा अधिक लेण्यांपैकी अपवादात्मक लेणी, जसे की शिवनेरी जवळील तुळजा लेणी, लेण्याद्री, मुंबईतील जोगेश्वरी लेणी अशा काही लेणींमध्ये बौद्ध धर्मियांनी लेणींचा वापर सोडून दिल्यावर हिंदू धर्मियांनी त्यातील काही लेणींचे मंदिरात रूपांतर केल्याचे आढळून येते, ज्याचे पुरावे आपल्याला दिसून येतात. मात्र, यात कुठेही अस्तित्वात असलेल्या बुद्धमूर्तींची किंवा चैत्यगृहाची तोडफोड झाल्याचे आढळत नाही.
जिथे चैत्य, बुद्ध मूर्ती आहेत त्या लेणी तशाच ठेवून इतर रिकाम्या लेणींचा वापर हिंदू देवतांच्या मूर्ती कोरण्यासाठी, तिथे मूर्तींची स्थापना करण्यासाठी करण्यात आल्याचे आढळून येते. यातील बहुतांशी लेणी या इसवी सन ५०० च्या आसपास कोरण्यात आल्या असून हिंदू देवतांचे कोरीव काम नंतरच्या काळात म्हणजेच सुमारे इसवी सन १००० ते १४०० च्या दरम्यान करण्यात आले आहे.
वेरूळ येथील हिंदू, बौद्ध आणि जैन हे तिन्ही लेणीसमूह हे एकाच डोंगररांगेत जरी असले, तरी सुरवातीपासून येथील लेणी त्या त्या धर्मीयांनीच कोरलेल्या असून, एका धर्मियांच्या कोरलेल्या लेणी दुसऱ्या धर्मियांनी वापरल्याचे आढळत नाही.
कार्ले येथील चैत्यगृहाच्या समोरच एकविरा मातेचे मंदिर असून मंदिर अथवा चैत्यगृह कशाचीही तोडफोड झाल्याचे आढळून येत नाही, किंवा हिंदू कारागिरांनी चैत्यगृहाची विटंबना केल्याचे आढळत नाही. याचाच अर्थ हिंदू , जैन आणि बौद्ध धर्मीय यांच्यात कधीही कुठले वैर होते असा थेट पुरावा उपलब्ध नाही.
